În apropierea actualei Mănăstiri Agapia se afl[ Schitul Agapia Veche, sau Agapia din Deal. Denumirea Agapia provine de la sihastrul Agapie, care s-a nevoit în poiana unde se află în prezent Schitul Agapia Veche. Deoarece acesta era greu accesibil, la începutul secolului al XVII-lea unii călugări s-au stabilit pe locul actualei mănăstiri, construind aici o biserică de lemn
În apropierea actualei Mănăstiri Agapia se afl[ Schitul Agapia Veche, sau Agapia din Deal. Denumirea Agapia provine de la sihastrul Agapie, care s-a nevoit în poiana unde se află în prezent Schitul Agapia Veche. Deoarece acesta era greu accesibil, la începutul secolului al XVII-lea unii călugări s-au stabilit pe locul actualei mănăstiri, construind aici o biserică de lemn.
Ctitorul Mănăstirii Agapia (Agapia din Vale sau Agapia Nouă) este hatmanul Gavriil Coci, fratele Domnului Moldovei Vasile Lupu. În perioada 1641-1643 el a construit biserica actuală a Mănăstirii Agapia, cu hramul „Sfinții Voievozi Mihail și Gavriil”, planurile acesteia fiind alcătuite de arhitectul grec arhitectului Enache Ctisi de la Constantinopol. Sfântul lăcaș a fost târnosit la 12 septembrie 1646 de către mitropolitul Varlaam al Moldovei, înconjurat de un mare sobor de preoți și călugări, în prezența voievodului Vasile Lupu.
Deasupra intrării de pe latura sudică a bisericii se află o pisanie în limba slavonă, cu textul:
"În numele Tatălui și al Fiului și al Sfântului Duh, iată eu robul lui Dumnezeu, Gavriil hatmanul și Doamna Liliana, am făcut și am înzestrat această mănăstirea Agapia din nou, în zilele binecredinciosului și de Hristos iubitorului Domn Vasile Lupu Voievod. Și s-a început zidirea în anul 7150 octombrie 16 zile și s-a săvârșit în 7152 septembrie 3 zile și s-a sfințit în 7155 septembrie 12.
În decursul istoriei, au avut loc invazii care au adus mari pagube mănăstirii și uneori i-au făcut pe călugări refugieze în munții din împrejurimi. Pot fi amintite atacurile turcilor și tătarilor din 1671-1672, când mănăstirea a fost avariată, jefuirea Agapiei de către tătari în iarna anului 1674-1675, prădarea mănăstirii de către poloni în 1680, care au transformat biserica mare în grajd de cai și avarierea mănăstirii tot de către oștenii poloni ai regelui Ioan al III-lea Sobieski în perioada 1689-1693."
La începutul secolului al XIX-lea, dorind să înființeze un seminar de preoți la Mănăstirea Socola din Iași, mitropolitul Veniamin Costache al Moldovei a dispus ca cele 50 de maici de la Socola să se mute la Mănăstirea Agapia. Prin hrisovul domnesc din 1803 al lui Alexandru Moruzi, Mănăstirea Agapia a devenit mănăstire de maici (până atunci fusese obște de călugări). Cu acest prilej, a fost înființată o școală pentru călugărițe, unde să învețe psaltichie, limba greacă, precum și meșteșugul broderiei și țesătoriei. Ca stareță a fost numită maica Elisabeta Costache, sora mitropolitului Veniamin Costache.
Însă, grelele încercări prin care a trecut mănăstirea nu se terminaseră. La 16 septembrie 1821 sfântul lăcaș monahal a fost devastat și incendiat de turci. Pe latura nordică a bisericii se află o pisanie în limba română cu caractere chirilice cu textul:
"Această sfântă mănăstire au pătimit primejdii cu arderea focului, atât înlăuntrul cât și afară, despre turci, la tulburarea ce s-a urmat în anul 1821, la septembrie 16 zile, atât chiliile înăuntru, cât și pe afară dimprejur. Iară în anul 1823, în zilele prea înălțatului domn Ioan Sandu Sturza Voievod, prin blagoslovenia Prea Sfințitului Mitropolit al Moldovei, Chirio Chir Veniamin Costache, și prin osârdia și sârguința surorii Preasfinției Sale maica Elisabeta schimonahia, stareța acestei sfinte mănăstiri, s-au meremetisit și s-au tencuit, atât înăuntru cât și înafară și s-au și acoperit din veniturile mănăstirii și ajutorul creștinilor. Drept aceasta, spre veșnica pomenire a acelor ce s-au ostenit și au ajutat și spre aducerea aminte de primejdia ce s-au întâmplat, s-au însemnat pe această piatră, la anul 1823, iunie 30."
În 1847, pe latura de sud a incintei mănăstirii a fost amenajat un paraclis cu hramul Nașterea Maicii Domnului și Duminica Tuturor Sfinților. Catapeteasma paraclisului a fost adusă de domnitorul Mihail Sturdza (1834-1849) de la Mănăstirea Bisericani, paraclisul fiind sfințit la 31 august.
În 1858 stareța de atunci, Maica Tavefta Ursache, l-a adus pe pictorul Nicolae Grigorescu, pe atunci în vârstă de numai 20 ani, pentru a repicta pereții interiori ai bisericii principale a mănăstirii. Lucrările au durat trei ani (1858-1861). Cu această ocazie, biserica a fost înzestrată cu mobilier nou, lucrat la Viena și Paris. Biserica a fost resfințită la 25 ianuarie 1862 de către arhiereul Calinic Miclescu.
În 1995 au început ample lucrări de restaurare a acestui monument istoric, ele fiind finalizate la începutul anului 2009. O mare atenţie a fost acordată picturilor murale originale aparţinând lui Nicolae Grigorescu, acestea fiind supuse unor lucrări de refacere şi recondiţionare. Prin finalizarea acestor lucrări s-a reuşit redarea în circuitul turistic şi ecumenic a unui monument deosebit de important pentru cultura românească.